据《清史稿·食货志》载：“明时，茶法有三：曰，官茶储边易马；曰，商茶给引征课；日，贡茶则上用也。清因之，于陕、甘易番马”。顺治元年（1644），在西北地区设立五个茶马司，同时，沿袭明制，设巡视茶马御史一人，统一管理五个茶马司。后令甘肃巡抚兼管，最后划归陕西总督管理。另设苑马寺卿一人，管理广宁第七监，专司马匹放牧与繁殖事宜。
顺治三年，诏“几外藩各蒙古来易马者，俱令驻于边口，照常贸易，毋得阻抑”。顺治八年，西藏五世达赖喇嘛要求在北胜州（今云南永胜县）开辟市场，换取普洱茶。康熙四年（1655）正式开市。普洱茶以普洱府为集散地，由马邦运至下关，经四川运往西藏。康熙三十五年（1696），又开四川打箭炉（今甘孜藏族自治州康定县）市场。
清政府对边疆贸易持慎重态度，执行较为宽松的政策，如康熙三十六年，政府曾令西藏第巴桑结嘉错护送班禅额尔德尼进京，他托故要求缓期。当时有人认为这是对朝廷的不恭，建议“禁止第巴遣人贸易”，予以经济制裁。康熙非常明智，他说：“彼所属之人，皆赖贸易为主。朕为天下主，何必以班禅之故，泥于小见，禁其贸易，绝其生计乎！”。又如乾隆三十五年（1770），经户部议准，“新疆五屯兵民杂居，生齿日繁，现据茶商等请由懋功厅（属四川）增给腹引一千张，于灌县采配茶斤，运往各地销售”。确保了边疆地区茶叶供应。这些政策，对缓和民族矛盾，增加民族团结有积极意义。
茶马比价政策：据《清朝文献通考·榷茶》：“我朝定鼎，各番慕义驰贡，金牌可以下用。但以茶易马，务须酌量价值，两得其平”。顺治元年，规定“与西蕃易马，每茶一笆重十斤。上马给茶蓖十二，中马给九，下马给七”。这个比价，比明朝前期上马120斤、中马70斤、下马50斤要高，比金牌制时期则高得多。但是否“两得其平”尚有待研究。
清朝为确保茶马互市贸易的顺利进行，对茶实行禁榷，除官茶储边易马外，商茶则实行茶引制。茶商必须向政府买引，每引百斤，征银三厘三毫。茶农不得把茶卖给无引的人。无引则作私茶论处。清末改推行厘金制，实质是征税制，专卖制已不复存在。同时严禁私茶出关，“查前明诏谕，通接西蕃关隘处所，拔官军巡守，不许私茶出境。”
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