普洱茶是一种后发酵茶类。所谓后发酵，就是微生物起主导作用的发酵。普洱茶是有机物，后发酵就是通过微生物的分解作用，将有机物分解为无机物、水和二氧化碳的过程。在分解过程中会产生一系列代谢物，其中的许多代谢物都是对人有益、有助于身体吸收、能改善口感的精微物质，这就是普洱茶越陈越香的最大秘密。
研究普洱茶后发酵多年的陈杰先生撰文称，现代科学对发酵的定义是：通过微生物（或动植物细胞）的生长培养和化学变化，大量产生和积累专门的代谢产物的反应过程。微生物就像一台台小小的加工机，对食物的每个细胞挨个进行处理，增加一些有营养的物质、去除一些没营养的物质，顺便改变味道和质地。
因此，不管是人工渥堆发酵，还是仓储陈化发酵，都是微生物在起主导作用。在昆明存茶，其温湿度还没有低到微生物不能繁殖的地步，只是繁殖速度比较缓慢而已。因此，昆明存茶也是微生物在起主导作用。
先看湿热与微生物转化作用的关系：
微生物繁殖需要一定温湿度。高温高湿的环境，微生物繁殖快，在益生菌大量繁殖的同时，杂菌与腐败菌也多。低温低湿的环境，微生物繁殖慢，以益生菌为主，杂菌、腐败菌少。当然，温湿度不能太低，太低的话，微生物的孢子很难萌芽，长出菌丝体，进行繁殖。
研究表明，就微生物繁殖需要的温湿度条件而言，普洱茶陈化过程的“最适温度”应在15℃至50℃之间，“最适湿度”为55％至85％之间。这个区间范围很大，从高温高湿一直涵盖到低温低湿，这也是普洱茶能形成高温高湿（通常的湿仓）、高温低湿（广东干仓）、低温高湿（不常见的湿仓）、低温低湿（昆明、北方干仓）等不同仓储模型之原因。昆明与北方虽然有时温度会低于15℃，湿度有时低于55％，但一年中温湿度在其上的时间很长，这表明在昆明与北方仓储茶叶也是微生物在起作用。在香港、广东相对湿热的环境下，微生物繁殖速度很快，形成了南方速成仓的特点。在昆明与北方，温湿度相对较低，微生物繁殖要缓慢得多，形成慢养仓的特点。
再看氧化与微生物转化作用的关系：
为什么我们不主张通风环境存茶，原因有二：一是通风会带来过多氧气，让茶叶氧化加快，不利于后期陈化。二是参与后发酵的微生物，有需氧的，也有厌氧的，也有需氧与厌氧兼有的，但总体来看起主导作用的以厌氧为主，也就是需要少氧环境。从抑制过度氧化，与微生物需要半厌氧环境出发来看，普洱茶的后发酵其实是一种半厌氧发酵。
根据陈杰的研究：自然界中有氧菌与厌氧菌分工是不同的。有氧发酵更多的是完成一组物质的生物氧化，而厌氧发酵是将有氧发酵不能完成的复杂的有机化合物分解成比较简单的物质的过程。普洱茶的仓储陈化是一种以厌氧菌为主，有氧菌为辅的发酵模式。它的意义在于，这种半厌氧发酵的模式可以造成茶叶内大量化学成分的转化，可将茶叶诸多不溶于水的物质转化为新的水溶性物质，由此也可将大量人体不能吸收的物质转变为人体易吸收的营养物。
明白了半厌氧发酵对普洱茶后发酵的原理及重要性，我们在普洱茶的仓储过程中，就要确保普洱茶的仓态环境是半厌氧环境，才能够最大限度地有利于普洱茶的半厌氧发酵得以顺利进行，一旦仓储环境通风，就破坏了仓的稳态，厌氧菌又需要经过很长的时间，才能够累积到一定的数量对普洱茶的半厌氧发酵发生作用。
