普洱茶是发酵的产物，离不开微生物种群与群落的参与。长期以来，我们有一个习惯说法，即普洱茶是后发酵的茶。其实，就普洱茶的发酵而言，从鲜叶釆摘之后，其发酵的过程就已经开始了。对微生物来说，参与制做普洱茶也不仅仅局限于发酵过程，而是在发酵前，甚至是茶叶采摘前——最远可追溯土壤的分化，茶树的生长及一次次的发芽，它就已经存在，而且，不同的微生物群落分工有序。
在云南，由于微生物群落的数目庞大，成为地球上生物多样性最为丰富的资源。云南微生物的多样性除物种多样性外，还包括生理类群多样性、生态类型多样性和遗传多样性。
云南存在许多野生、半野生乔木大叶种茶树，除了特定的地理、气候与物种的多样性外，特有微生物的参与也是其中一个因素。微生物生态的多样性及微生物的参与不仅帮它抵御外部各种病虫害的侵袭，并将各种营养源源不断输入其中。
微生物许多独特的代谢方式，如自养细菌的化能合成作用、厌氧生活、不释放氧的光合作用、生物固氮作用、对复杂有机物的生物转化能力、分解氰、酚、多氯联苯等有毒物质的能力，抵抗热、冷、酸、碱、高渗、高压、高辐射剂量等极端环境的能力，以及病毒的以非细胞形态生存的能力等，都为云南乔木大叶种茶树提供了坚实的“物质基础”。
云南普洱茶渥堆过程中参与的主要微生物有黑曲霉、青霉属、酵母属、根霉属、灰绿曲霉、细菌类。细菌数目极少，没有发现致病细菌。这些微生物生命活动和代谢产物是普洱茶品质形成的重要因素。
在渥堆过程中，由于湿热作用为微生物的活动和代谢创造了良好的条件，同时也给茶叶内含的有机物变化提供了热源，加强了酶系活动。又因霉菌能利用各种多糖作为碳源，进行糖代谢，产生大量的单糖和寡糖，为酵母提供足够的营养使其迅速繁衍，而酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了细菌的生长。同时，这些微生物所分泌的胞外酶对茶叶内含成分进行了各种各样的转化。
普洱茶所具有的甘滑、醇厚、活顺、陈香等品质特点与黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆过程中的主从优势有着密切的关系。
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