台湾产茶的历史可以追溯到清朝嘉庆年间，据说当时有一位名叫柯朝（一说是赖柯）的人从福建武夷山将茶种带到台湾，在台北种植，漂洋过海来到台湾的乌龙茶经过当地制茶人的研究改良，变成了有别于福建乌龙茶的台湾乌龙茶。1860年台湾开埠通商之前，清廷严禁内地各省贩卖茶叶、绸缎等，不准涉海，此外，清政府规定从台湾运输到福建等地贩卖的毛茶需要额外征收税费。那个时候，台湾制茶业的发展还是受到了很大的限制。
到了1865年，也就是台湾开埠通商的第五年，在淡水创设洋行Dodd & Co.（宝顺洋行）的英国商人杜德来台视察樟脑商机，发现台北文山、大溪等处的茶园极具发展前途，于是1866年即由福建安溪购入大量茶苗及茶种，以借贷方式鼓励农民栽制茶叶。但是在那个时候，台湾还没有精制茶厂，生产出的茶都是粗制茶，需要运往福州进行精制后再外销。当这一批茶在澳门试销颇受好评后，杜德决定在台北艋舺投资建设精制茶厂，此为台湾精制乌龙茶的开端。1869年杜德开拓台湾乌龙茶国际销售管道，以“Formosa Tea”（葡萄牙文Formosa 美丽的意思）为商标，直运纽约销售，以其优质的品质，在国际上大受欢迎。杜德对台湾茶叶产业的发展可以说是功不可没，他为台茶直销海外开辟了道路，提升了台茶在国际的知名度。
随着台湾乌龙茶市场的扩大以及其在国际的影响力，面对眼前巨大的利益不论是台湾本土的居民还是隔海相望的福建人，甚至是远在大洋彼岸的洋人都纷纷奔赴这个有着“Formosa”之美誉的小岛上来寻求茶叶商机。在台湾本岛上，当地农民甚至将种植大菁、黄麻的土地改为茶园；福建、广东地区的茶商、茶农来到台湾开设茶行或者种植茶叶、制作茶叶。然而，在台湾乌龙茶产业正如日中天的时候，以次充好的现象不断涌现，导致茶叶品质下降，再加上1872年，台湾乌龙茶的输出大国美国废止输入茶税，茶价下跌，造成洋行普遍亏损，次年又逢世界茶业不景气，台湾乌龙茶的出口遭受打击，乌龙茶价暴跌，生产出现停滞，大量乌龙茶滞销。此时的人们面对眼前成堆的乌龙茶开始另寻出路。
就在为眼前遭遇无价无市的乌龙茶发愁的时候，有华人趁机将这些滞销的茶运至福州，加工制成窨茉莉花、玉兰花的茶再售出，当时广东福建地区的传统包种茶是不带花香的，而台湾独创出带花香的茶，即用黄枝、秀英、茉莉等香花将茶叶进行窨花处理，使其附有花香，这种轻发酵清香型的茶叶也名为包种。1881年，福建茶商吴福老来到台北开始制造窨花包种茶，此为台湾制造包种茶之端绪。同时还带动了花胚原料的生产，台北附近种植茉莉花、素馨花、栀子花等产业纷纷发展起来。窨花包种的开发破除了台湾乌龙茶的困境。在新萌芽的台湾乌龙茶业遭受打击之时，这种加入窨花工艺的茶登上了台湾茶业的历史舞台。
1895年马关条约签订后，台湾进入日治时期。此前1893年，美国芝加哥博览会后，印度茶与日本茶大量涌入美国市场，印度、锡兰红茶逐步占据美国市场。1898年美西战争，美国出台政策对输入的茶叶课以战争税，台茶在美国的销路再次受到重创，堆积如山的茶叶使台湾茶业几乎面临崩溃。此时开拓新的销路成了拯救台茶的出路，有的茶商就将滞销的乌龙茶加入窨花工艺后转制成包种茶销往南洋。南洋地区聚居着大量的华侨，当时南洋福建华侨饮用的来自家乡的福建茶，因其加工粗笨，品质下降，使得新兴的清香宜人的台湾包种茶得以有机会销入南洋。包种茶以其独特的品质在乌龙茶茶价大跌时仍能维持其茶价而不受影响，使得当时从事包种茶制造的茶商拥有稳定的资金，在南洋主岛爪哇、新加坡等地设办事处、分店、代理店，并且亲自至该地调查当地的饮茶口味。严格的品质控制使得由滞销的乌龙茶原料制造出的包种茶，品质不断提升，成为优良茶品，销路随之开拓。随着市场需求的增加，台湾包种茶在南洋的市场逐渐稳固。
至1920年，窨花包种茶的出口量首度超越乌龙茶。1921年左右，新的无花制作包种茶工艺的出现。当时台北南港的王水锦改进工艺，使得包种茶的制作能够不必掺杂香花也能散发出花香气味，而且还能比掺杂香花的气味更佳，这宣告无窨花包种茶遂诞生。无窨花的包种茶就是我们现在所熟知的台湾文山包种茶的前身。
今天所品味到的文山包种茶，其最大的特点就是其茶汤香气清香幽雅似花香，与早期的经香花窨制的包种花茶一脉相承。文山包种茶的核心产区位于台北县文山区，包括新店、坪林、深坑、石碇、平溪、汐止等乡镇，前文所提到的英商杜德来到台湾发现台湾产茶大有利可图的地方正是文山，而文山也正是台湾茶业的发源地之一。
